Есть база - WoG мод
Есть мод 1 и мод 2
У всех свои текстовики объектов

Как это подружить?

Для начала, в описании концепции модов обговариваем, что все добавления новых объектов заносить не в исходный тектовик, а как ранее это практиковалось для wog-файлов, только новыми полями в отдельный файл
этот файл располагать в папке мода отдельно в корне (или в подкаталоге)

В сборке ERA вложить батник, который будет автоматически просматривать все папки модов перед самим запуском ERA, и в случае нахождения нужного текстовика, использовать комбинирование новых строк с исходным базовым тектовиком объектов из мода WoG, после чего формировать НОВЫЙ тектовик, располагаемый в самой приоритетной папки модов, или же в самом моде WoG (а базовый тектовик будет располагаться где-то отдельно не в корне Data)
конечный тектовик обектов конечно будет как временный, ибо каждый раз при запуске ERA он будет обновляться, т.к. прежние моды будут вкл/откл. постоянно.

Всё. теперь каждый раз когда будет включаться новый мод игроком, где будет свой текстовик, никаких казусов с обектами по крайней мере уже не будет.